1941 m. birželio 14 d. 3 val. nakties enkavedistai pradėjo masinius Lietuvos gyventojų areštus. Lietuviai ir žydai ištisomis šeimomis buvo tremiami į Sovietų Sąjungos gilumą, Sibirą. Lietuvos piliečių. Žmonės buvo tremiami krovininių traukinių vagonuose.
Birželio 14 d. paskelbta Gedulo ir vilties diena. Šią dieną Lietuvoje minimi žuvę tremtyje.
Pirmaisiais sovietų okupacijos 1940m. žydams buvo suduotas pirmas žiaurus smūgis: uždarytos visos žydų institucijos, nacionalizuotas turtas, nemaža dalis žydų kartu su lietuviais deportuoti ir įkalinti Rusijos rytuose.
Kaip rašoma naujoje Solomono Atamuko knygoje (2018) „Lietuvos žydų keliai. Atmintis, tikėjimas, viltis“, pagal LSSR NKGB 1941-04-25 įsakymą Nr.0023, ruošiantis naujiems trėmimams, NKGB rengė „antisovietinių ir kontrrevoliucinių elementų“ sąrašus. Penkių dienų NKGB suvestinėse buvo tokios kategorijos:
Žemvaldžiai, stambūs fabrikantai, stambūs pirkliai ir namų savininkai, žydų nacionalinė kontrrevoliucija: visų sionistų organizacijų vadovai ir jų spaudos įstaigų nuolatiniai darbuotojai, Bundo vadovai ir jų spaudos įstaigų nuolatiniai darbuotojai. Taip pat žydų, dalyvavusių Lietuvos Nepriklausomybės kovose, sąjunga, žydų kombatatantų (karių) sąjunga, Beitar (žydų sionistinio jaunimo sąjunga), EL- AL emigracijos organizacijos, sionistų – revizionistų partija.
1941 birželio 14–18 d. iš Lietuvos buvo deportuota apie 17500 žmonių (nustatyti 16246 tremtinių likimai), t. t. 4663 suimtieji ir 12832 tremtiniai. Tremtis tapo didžiule tautos tragedija ir netektimi, pavadinta „juoduoju birželiu“. Iš Lietuvos buvo deportuota apie 3000 žydų, negalutiniais duomenimis, lageriuose ir tremtyje mirė 375 žydai .
Ištremti į Sibirą žydai giliu dvasiškumu ir tikėjimu priešinosi žiauriam sovietinių represijos organų terorui. 1941-aisiais buvo ištremta apie 1,3 proc. tuometinės Lietuvos žydų bendruomenės narių, procentine išraiška tai yra didžiausias ištremtųjų iš Lietuvos skaičius pagal tautybę. Tačiau represijos nesužlugdė žydų tautiškumo – pogrindyje veikė sionistinės organizacijos, rūpintasi hebrajišku švietimu, stengtasi visomis priemonėmis sudaryti sąlygas žydų bendruomenės nariams išvykti į Palestiną.
1941 m. birželio tremtis buvo didžiulė netektis Lietuvai. Trėmimai palietė visus socialinius sluoksnius ir visas tautines grupes. Santykinai labiausiai nuo tremties nukentėjo žydų bendruomenė – buvo ištremta daugiau nei 1 proc. jos narių (lietuvių – apie 0,5 proc.). Tūkstančiai žmonių buvo išplėšti iš savo gimtinės, prarado savo nuosavybę, darbą ir užsiėmimą, buvo ištremti iš gimtojo krašto į netinkamas gyvenimui vietas, kur buvo jiems priešiška aplinka ir svetima kultūra. Prievarta buvo pakeistas jų įprastas gyvenimo būdas, užsiėmimas, darbas, suardyti tradiciniai šeimos ryšiai, susiklostę socialiniai santykiai. Ištremtieji buvo fiziškai naikinami kalėjimuose, lageriuose ir specialiose tremties vietose. 33,59 proc. tremtinių grįžo į Lietuvą, 26,5 proc. žuvo tremties ir kalinimo vietose, beveik 40 proc. tremtinių likimas nežinomas, bet manoma, kad didesnė dalis jų žuvo arba mirė. Šeimų naikinimas, išvežimas į netinkamas gyventi vietoves, dėl ko dalis jų mirė ar žuvo, vertinamas kaip nusikaltimas žmogiškumui, okupacinės valdžios vykdyto Lietuvos gyventojų genocido apraiška.