После нападения Германии на Польшу 1 сентября 1939 и начала второй мировой войны в Литву от немцев бежало множество евреев. Большинство из них отчаянно пыталось уехать дальше от надвигающейся войны, но большая часть Европы уже была оккупирована нацистами, а большинство остальных стран запретили въезд еврейских беженцев.
Несколькими людьми была выработана следующая схема спасения евреев. Голландский бизнесмен (торговавший электротоварами компании Philips), консул Голландии в Литве Ян Звартендейк выдавал евреям свидетельства о том, что для въезда в голландскую колонию Кюрасао въездная виза не требуется, которые служили неким заменителем визы. Советские дипломаты согласились пропускать людей с такими псевдовизами через СССР, но только при условии, что они получат и японскую транзитную визу, так как на Дальнем Востоке они могли выехать из СССР только через Японию. Японские транзитные визы выдавал Чиюни Сугихара.
В 1940 произошло присоединение Литвы к СССР. В июле 1940 от иностранных дипломатов потребовали покинуть страну. Сугихара, владевший русским языком, сумел договориться с новой властью о месячной отсрочке распоряжения — для завершения дел. Получив указания японского МИД выдавать визы только тем, кто соответствовал формальным критериям и располагал необходимой суммой денег, Сугихара пренебрёг этими указаниями и выдал гораздо большее количество виз.
С 31 июля по 28 августа 1940 Сугихара занимался только тем, что выдавал визы беженцам. Вскоре у него закончились бланки для виз, и он продолжал выписывать визы от руки с помощью своей жены. На написание виз он тратил всё своё время, работая по 18-20 часов в сутки. Всего он выписал, по некоторым оценкам, 2139 виз. Учитывая, что виза выдавалась на семью, можно считать, что благодаря ему уехало около 6 тысяч человек. Как подсчитали в наши дни, общее число детей, внуков и правнуков беженцев, спасённых дипломатами Японии и Голландии, превысило 50 тысяч.
В 1968 году Сугихару нашёл один из спасённых им евреев, израильский дипломат Йошуа Нишри. В 1985 году Сугихаре было присвоено почётное звание Праведника мира. По состоянию здоровья он сам уже не смог присутствовать на почётной церемонии — за него награду приняли жена и сын. Сугихара и члены его семьи так же получили постоянное гражданство Израиля.
В этом же году, через 45 лет после тех событий, отвечая на вопрос о мотивах выдачи виз евреям, Сугихара дал две причины: во-первых, беженцы тоже люди, а во-вторых — они просто нуждались в помощи. В том же году, общаясь с одним из гостей, посетивших его дом рядом с Токийским заливом, он сказал:
«Вы хотите услышать мою мотивацию, не так ли? Это как чувства, которые испытал бы каждый, встретив лицом к лицу беженца, умоляющего со слезами на глазах. И, кроме сочувствия, ничего не остаётся. Среди них были старики и женщины. Доведённые до отчаяния, они целовали мою обувь. Да, я действительно наблюдал такие сцены собственными глазами. В то же самое время я чувствовал, что японское правительство в Токио не имеет единой позиции. Некоторые военачальники были просто напуганы давлением нацистов, в то время как служащие министерства внутренних дел противоречили друг другу. Люди в Токио не были едины. Я чувствовал себя глупо, общаясь с ними. Поэтому решил не дожидаться ответа. Я знал, что в будущем кто-нибудь обязательно на меня подаст жалобу, но был уверен, что поступаю правильно. В спасении многих жизней ничего неправильного нет. Дух человечности, благотворительности… соседской дружбы, ведомый этими чувствами, я решился на то, что я делал, противостоя этой очень трудной ситуации — именно в этих чувствах кроется причина, по которой я продолжал начатое с удвоенной отвагой».
Когда его спросили, стоило ли рисковать карьерой, спасая других людей, он процитировал древнее выражение самураев: «Даже охотник не станет убивать птицу, просящую у него защиты».