Этот уникальный архитектуарный памятник упоминается в записках этнографа, писателя П. Биржиса-Акираса, который посетил Варену в 1930 г. “До войны в Варене было три синагоги и около 600 еврейских семей. Сейчас лишь около 70-ти. Было три еврейских школы, а сейчас – одна.  Синагога одна, отстроена в 1922 году. У евреев есть свой народный банк, он был учрежден в 1920 г. В 1929 г. оборот этого банка составил один миллион литов”, – писал этнограф.

В межвоенный период часть евреев Варены эмигрировала в США, Аргентину и Палестину. В первые дни сентября 1941 г. евреи городка были согнаны в синагогу, а через несколько дней были вывезены и расстреляны.

После Второй мировой войны в здании Варенской синагоге располагался Дом культуры. Сейчас здание принадлежит частному лицу.

Деревянные синагоги Литвы и всей Восточной Европы – уникальные архитектурные памятники, в них ярко проявилась самобытность еврейского зодчества.